بررسی پایگاه های توالی آلرژن ها و تعیین پایگاه داده مناسب برای آنالیز بیوانفورماتیکی آلرژنیسیته پروتئین های نوترکیب

Authors

  • زرین مینوچهر استادیار، پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری ، تهران ، ایران
  • عبدالمنان اورنگ کارشناسی ارشد، دانشگاه پیام نور اصفهان، ایران
  • مسعود رهگذر دانشیار، گروه کامپیوتر دانشگاه تهران، ایران
Abstract:

  براساس اعلام سازمان جهانی آلرژی؛ حدود یک سوم جمعیت جهان متاثر از آلرژی‌اند. مطابق با ضوابط سازمان جهانی سلامت ارزیابی آلرژنیسیته پروتئین‌های نوترکیب ضروری است. ارزیابی آلرژنیسیته با پیشرفت‌های بدست آمده در آنالیزهای بیوانفورماتیکی و تعیین ساختار سه بعدی آلرژن‌ها تسهیل شده است. آنالیز بیوانفورماتیکی مرحله مقدماتی در ارزیابی آلرژنیسیته پروتئین‌های نوترکیب است که نتایج آن در سنگینی مستندات و قضاوت آلرژنیسیته اهمیت دارد. کارایی آنالیز بیوانفورماتیکی آلرژنیسیته پروتئین‌های نوترکیب وابسته به ماهیت و محتوای پایگاه‌های اطلاعاتی مورد استفاده در تحلیل است. این تحقیق با هدف بررسی و تعیین پایگاه‌های داده توالی مناسب برای آنالیز بیوانفورماتیکی آلرژنیسیته پروتئین‌های نوترکیب انجام شد. لذا پایگاه‌های داده آلرژن پس از مطالعه تطبیقی در سه گروه الف- عمومی، ب- مولکولی و ج- آنالیز موتیف و اپی‌توپ دسته‌بندی شد. نتایج نشان داد این پایگاه‌ها در حجم داده‌ها، سازماندهی و قابلیت‌ها متفاوت هستند. به منظور دستیابی به نتایج بهتر و دقیق‌تر، آنالیز بیوانفورماتیکی آلرژنیسیته پروتئین‌های نوترکیب باید بصورت ترکیبی و بهره-مندی از گروهی از پایگاه‌های اطلاعاتی آلرژن‌ها انجام شود. بدلیل گستره داده‌ها و الگوریتم‌های مختلف درباره پیش‌بینی آلرژنیسیته، پایگاه توالی آلرژن‌ها شامل Allergome, ADFS, SDAP, FARRP و Alegpred برای آنالیز بیوانفورماتیکی آلرژنیسیته پروتئین‌های نوترکیب توصیه می‌شود. همچنین در این تحقیق ارزیابی بیوانفورماتیکی آلرژنیسیته پروتئین اسموتین انجام شد. نتایج تحقیق حاکی از آن بود که براساس آنالیزهای بیوانفورماتیکی اسموتین حساسیت‌زا است.

Upgrade to premium to download articles

Sign up to access the full text

Already have an account?login

similar resources

آنالیز بیوانفورماتیکی حساسیت زایی پروتئینهای جدید در موجودات تراریخته

موجودات تراریخته اهمیت، کاربرد و گستره وسیعی در زیست فناوری دارند. گیاهان تراریخته در دهه اخیر به منظور تولید مواد غذایی و مصارف صنعتی رشد و توسعه قابل توجهی داشته اند. چراکه استفاده از گیاهان و محصولات تراریخته با توجه به محدودیتهای افزایش سطح زیر کشت، راه حلی کلیدی پاسخ به تقاضای روزافزون غذا در جهان است. از اینرو ایمنی مصرف محصولات تراریخته یکی از ضروریات مهم به شمار می رود. یکی از مهم ترین ...

full text

پایگاه های داده شبکه ای بارش

دسترسی به داده‌های عناصر اقلیمی یکی از پیش نیازهای اساسی در هر مطالعه اقلیمی به شمار می­‌آید. در گذشته داده‌های پیمونگاه­های سازمان­‌های  هواشناسی و مؤسسات وابسته به آن مرسوم‌ترین و قابل اعتمادترین داده‌ها برای مطالعات اقلیمی محسوب می‌شد و استفاده از داده‌های بارش پیمونگاه‌ها پارادایم مسلط در بین اقلیم‌شناسان به شمار می‌آمد. اما در دهه‌های اخیر،  ناتوانی‌ها و ایرادات این پارادایم به خصوص در تعم...

full text

ساخت پایگاه داده از قطعات پپتیدی: دیدگاهی جدید برای طراحی پروتئین های نوترکیب

پروتئین ها یکی از اجزا اصلی سلول هستند که معمولا از چندین دمین تشکیل شده اند. این دمین ها بلوک-های ساختمانی مناسبی می باشند که در طراحی و ساخت پروتئین های چند عملکردی جدید استفاده می-شوند. برای طراحی این پروتئین های نوترکیب یا کایمریک، می توان چندین دمین عملکردی را توسط توالی های لینکر الیگوپپتیدی به یکدیگر متصل کرد. در صورتی که دمین ها با هم ارتباط فیزیکی نداشته باشند، انتخاب قطعه ای به عنوان ...

15 صفحه اول

ارزیابی مدل‎های داده والگوریتم‌ها در پایگاه-های داده اشیاء متحرک

این مقاله با تمرکز روی رویکرد تاریخچه‎ی حرکت در پایگاه‎های داده اشیاء متحرک، به ارزیابی ساختار و مدل داده پرداخته و سپس الگوریتم‎ها به همراه پیچیدگی هر کدام، به طور جداگانه بحث گردیده‎اند. همچنین با معرفی معیارها به عنوان ابزاری مناسب برای مقایسه پایگاه‎های داده اشیاء متحرک، از پرس‎و‎جوها و داده‎های استفاده شده در معیار BerlinMod، برای ارزیابی و انجام تحلیل‎ها استفاده شده است. نهایتاً به ارائه‎ی...

full text

بررسی کارایی پایگاه های بهداشتی مشارکتی به روش تحلیل پوششی داده ها (1388)

    در حال حاضر برخی از خدمات بهداشتی از جمله پایگاه­های بهداشتی از طرق مختلف نظیر واگذاری مدیریتی، اجاره، خرید خدمت و مشارکت به بخش خصوصی واگذار شده است. این مطالعه تطبیقی به منظور تعیین کارایی تمام پایگاه­های بهداشتی مشارکتی مرکز بهداشت غرب تهران در سال 1388 انجام شد. اطلاعات مورد نیاز با استفاده از آمار و مدارک موجود جمع­آوری و با نرم­افزار DEAP بررسی شدند. از میان 11 پایگاه مورد مطالعه %27 ...

full text

My Resources

Save resource for easier access later

Save to my library Already added to my library

{@ msg_add @}


Journal title

volume 30  issue 1

pages  37- 58

publication date 2017-08-23

By following a journal you will be notified via email when a new issue of this journal is published.

Hosted on Doprax cloud platform doprax.com

copyright © 2015-2023